Za Ninjutsu, pored fizičke spremnosti, snaga i fleksibilnosti, veoma važan je bio trening sa oružjem. Neki izvori tvrde da su deca sa 5-6 godina počinjala trening, koji se u tom periodu zasnivao na sticanju balansa i snage ruku. Posle se prelazilo na plivanje, trčanje i skakanje, penjanje po raznim površinama i vežbe za fleksibilnost. U ovom periodu su deca jačala telo i um. Tek sa 13-14 godina počinjao je trening sa oružjem kao i samoodbranu bez oružja.
Za taijutsu (borbu bez oružja) od velikog značaja su principi kretanja u liniji, prenosa težine, distance, ugla, blokova i udaraca. Oni su se usvajali u radu sa oružjem, jer su ovi elementi bili neophodni za preživljavanje.
Postojalo je mnogo vrsta tradicionalnog oružja. Neka su bila zvanična koja su koristili i samuraji (katana, wakizashi), a neka su nastala od običnog svakodnevnog oruđa (kunai, shuko kandže). Najvažnije oružje za nindže je bio njihov um i telo.
Da bi obavili zadatak neprimetno i uspešno, ninje su se maskirale u različite uloge (farmer, pustinjak, monah...). Uz sebe su nosili oruđa koja su bila vezana za te uloge, kako ne bi budili sumnju. Dobra osnova im je pružala mogućnost da svako oruđe iskoriste kao oružje ili koristan alat. Posle su ova oružja ušla u programe 9 škola i razvijala se kroz veštinu.
U današnje vreme izučavanje tradicionalnog oružja ima više prednosti. Pre svega poboljšavamo svoj taijutsu i sve njegove elemente, a sa druge strane uviđamo da mnogi elementi iz našega okruženja koji podsećaju na tradicionalno oružje mogu da nam posluže sa samoodbranu (kišobran, tašna, ključevi...).
Čvrsta oružja i oružja sa oštricom
BO, HAMBO, ĐO, JAVARA
Spada u set drvenog oružja različitih dužina. Ovaj tip oružja je bio najjednostavniji i mogao je da se primenjuje u različitim situacijama bilo u borbene ili druge svrhe.
Bo štap je naduži od ovog tipa oružja i smatrao se najsmrtonosnijim na bojnom polju. Njegova dužina je omogućavala dobru distancu i dobar prenos težine. Posebno se proučavao u Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu školi, zajedno sa Hanboom.
Hambo i Đo su se koristili često kao planinarski štapovi koje su nosili monasi, starci i lutalice, pa su bili pogodni za nošenje prilikom prerušavanja u neke od ovih uloga a ujedno su se koristili za samoodbranu.
Javara je malo oružje koje može da stane u šaku i da bude potpuno nevidljivo. Mogla je da bude od drveta ali i od metala. U bliskoj borbi su se njome udarale kjušo tačke (slabe tačke, nervni završetci), lomile kosti.
NINJATO, KATANA, JARI, NAGINATA, KUNAI, SHUKO, TANTO
Ovo je oružje različitih veličina, koje ima oštrice na sebi. Koristilo se u bliskoj borbi za sečenje, ubadanje ili odbrane od drugog oružja. Pored toga imalo je i mnoge druge primene.
NinjaTo i Katana su vrste japanskih mačeva. Katana je tradicionalno japansko sečivo, koje nije potpuno ravno. U istoriji je poznato po tome da su ga koristili samuraji i bilo je zvanično oružje japanske vojske zajedno sa wakizashijem i tantom. NinjaTo je bio mač kraći od katane i nije imao zakrivljenu ivicu kao ona. Često se nosio u koricama od katane, tako da ga je bilo mnogo lakše izvući i koristiti.
Jari i Naginata spadaju u duga oružja sa sečivom na kraju. Jari je predstavljao tradicionalno koplje koje se upotrebljavalo za duge distance i u vojnim formacijama kod pešadije. Naginata je bila malo drugačiji tip oružja sa zakrvljenom oštricom na kraju. U početku su je koristili ratnici monasi i pešadinci, ali je zbog svoje konstrukcije bila pogodna i za žene. Njena distanca i težina oštrice omogućavala je veliku prednost.
Kunai, Tanto, Shuko spada u kraće oružje i svako je imalo različitu primenu. Kunai je prvenstveno bila alatka koja je služila za baštovanstvo i kao oružje je bila prilično dostupna i mogla se lako naoštriti. Takođe se mogla koristiti za penjanje. Shuko kanže su bile alatke koje su drvoseče koristile za nošenje drveta, ali su se u Ninjutsuu upotrebljavale u razlčite svrhe. Mogle su da služe za penjanje, za blisku borbu, ali i da izblokiraju i slome katanu i druga oružja. Tanto je kratki nož koji su uglavnom nosili samuraji ali žene za samoodbranu.
Fleksibilna i projektilna oružja
KUSARIGAMA, KUSARIFUNDO, KYOKETSU SHOGE
Ovo su fleksibilna oružja različitih dužina koja su se sastojala od lanca sa različitim završetcima. Moglo je da se koristi u bliskoj borbi, za vezivanje i onesposobljavanje protivnika kao i pravljenje zamki.
Kusarigama je oružje koje ima dugačak lanac, sa jedne strane kosu a sa druge teg. Zbog svoje dužine mogao je da se koristi da se neprijatelj pogodi sa veće distance ili da mu se oduzme oružje, pri čemu se kombinovala kosa i teg. Prvenstveno se koristila od strane ljudi kojima je bilo zabranjeno da imaju oružje kao samuraji. Zbog fleksibilnosti, lako je mogla da se sakrije.
Kusari-fundo je bio kraći lanac koji je sa obe strane imao tegove ili druge vrste završetaka, koji su nekada bili i zašiljeni. Koristio se kao odbrambeno oružje u bliskoj borbi a tegovi su često mogli da posluže za udaranje kjusho tačaka (nervnih završetaka). Zbog svoje veličine često je neprimetno mogao da se nosi u rukama.
KYOKETSU SHOGE je lanac koji je imao na jednom kraju bodež sa kukom a na drugom kraju obruč. Koristio se za penjanje ili obaranje konjanika. U bliskoj borbi bodež je mogao da se koristi, a obruč na kraju je često upotrebljavan da se protivniku izbije oružje. Lanac je mogao da bude zamenjen sa konjskom dlakom ili drugim vrstama užeta.
SHURIKEN, METSUBUSHI
Spadaju u mala projektilna oružja koja su se koristila za ometanje i privremeno onesposobljavanje protivnika, ali su mogla da izazovu i ozbiljnije telesne povrede.
Shurikeni su široko poznato oružje javnosti koje se vezuje za nindže. Postoji mnogo različitih tipova shurikena a glavna podela je na bo shurikene koji su ravni u obliku šila ili bodeža i hira shurikene koji imaju više završetaka. Iako postoje zablude da su se koristili sa velike razdaljine, najefikasniji su bili na kraćoj distanci do desest metara, kao i u bliskoj borbi. Služili su za ometanje protivnika, a bo shurikeni su bili opasniji jer su mogli da naprave dublja oštečenja.
Metsubushi je oružje koje se koristilo da oslepi protivnika i da mu skrene pažnju. Obično se mešavina ražličitih supstanci u obliku praha stavljala u praznu ljusku jajeta i razbijala u blizini protivnika. Često se metsubushi stavljao i u koricu od mača da bi se pri izvlačenju prah rayuo i neprijatelj omeo. Supstance su često bile štetne za oči i kožu i omogućavale su da se lako napravi diverzija.